البته ضبط این سیگنال ها با چالش هایی همراه است ، یکی از آن چالش های مسئله نویز های مختلفی است که در صورتی که حذف نشوند ، نتیجه مطلوب را برای ما به عمل نمی آورند.

یکی از مسائلی که میتوانیم به آن اشاره کنیم مربوط به خود این دستگاه و روش ضبط آن شود ، چسباندن الکترود ها به پوست سر به علت داشتن مو باعث میشود نویز ها و اختلال هایی در ضبط پدید آید ، همچنین به علت چربی پوست سر ، اتصال الکترود ها به صورت مستقیم امکان پذیر نیست و قبل از اتصال حتما باید محل مورد نظر با الکل یا … پاکسازی شود و خود الکترود ها با استفاده از کرم های هادی (که انواع مختلفی دارند) به پوست سر متصل شوند ،‌همین امر موجب پدیداری نویز های دیگری میشود ، زیرا این کرم ها با گذر زمان به مرور خشک شده و در طی خشک شدن نویز را افزایش میدهند و نیاز به تمدید مجدد دارند.

از دیگر چالش ها میتوان به دشوار بودن مرحله ضبط برای اشخاص مختلف اشاره نمود ، روند اتصال الکترود ها و شیوه قرارگیری آن ها کمی زمان بر است ، همچنین نمونه ها نباید در طول ضبط حرکت کنند و یا حتی اعضای بدنشان را تکان دهند زیرا هر کدام از این موارد نتیجه آزمایش را تحت تاثیر قرار میدهند ، همچنین نور و صدا و دما و شرایط محیطی نیز باید تحت کنترل باشد تا مانع از اختلال در نتایج آزمایش شود ، با توجه به تمام موارد مطرح شده و از آنجایی که مرحله ضبط بین ۱ الی ۲ ساعت زمان میبرد ممکن است خارج حوصله کودکان ، سالمندان ، بیماران و… باشد.